Правила регистрации счетов-фактур в Журнале учета и Книге покупок определены постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137 (в ред. постановления Правительства РФ от 19.08.2017 № 981)..

Счета-фактуры, полученные на бумажном носителе или в электронном виде, регистрируются в едином порядке (п. 3 Правил ведения журнала учета полученных и выставленных счетов-фактур, п. 2 Правил ведения книги покупок), однако, покупатель должен учитывать некоторые особенности регистрации электронных счетов-фактур.

Несмотря на то, что Правила ведения журнала учета полученных и выставленных счетов-фактур, утв. постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137, содержат ряд важных общих положений по получению и регистрации счетов-фактур в электронной форме, с 01.01.2015 г. согласно п. 3.1 ст. 169 НК РФ журнал учета счетов-фактур обязаны вести только налогоплательщики, в том числе освобожденные от исполнения обязанностей налогоплательщика, и лица, не являющиеся налогоплательщиками, в случае выставления и (или) получения ими счетов-фактур при осуществлении предпринимательской деятельности в интересах другого лица на основе договоров комиссии, агентских договоров, предусматривающих реализацию и (или) приобретение товаров (работ, услуг), имущественных прав от имени комиссионера (агента), или на основе договоров транспортной экспедиции, а также при выполнении функций застройщика в отношении указанной деятельности.

В части 2 "Полученные счета-фактуры" Журнала учета:

• в едином порядке регистрируются бумажные и электронные счета-фактуры, составленные за истекший налоговый период и полученные, в том числе после завершения истекшего налогового периода, в котором был составлен счет-фактура покупателю, но до установленного ст. 174 НК РФ срока представления налоговой декларации по НДС или срока представления журнала учета (п. 3 Правил ведения журнала учета).

В Книге покупок:

• счета-фактуры, составленные в электронном виде, регистрируются в книге покупок в едином порядке со счетами-фактурами, составленными на бумажном носителе (абз. 3 п. 2 Правил ведения книги покупок);
• если покупатель не получил от продавца первоначально составленный в электронном виде счет-фактуру, а на дату повторного направления продавец внес в счет-фактуру изменения, то покупатель регистрирует в книге покупок только повторно направленный счет-фактуру с исправленными реквизитами с указанием номера и даты исправления по мере возникновения права на налоговые вычеты (п. 5 Правил ведения книги покупок);
• если покупатель не получил от продавца первоначально составленный в электронном виде корректировочный счет-фактуру на уменьшение стоимости, а на дату повторного направления корректировочного счета-фактуры продавец внес в него изменения, то покупатель регистрирует в книге покупок только корректировочный счет-фактуру с исправленными реквизитами с указанием номера и даты исправления. При этом первоначально составленный корректировочный счет-фактура, направленный покупателю и им не полученный, в книге покупок продавец не регистрирует (п. 5 Правил ведения книги покупок).